W Befehlstelle urządzono m.in. pokoje biurowe dla Brandta i innych esesmanów, wartownię dla polskich junaków z Baudienstu, wartownię dla niemieckich żandarmów (od stycznia 1943), kuchnię oraz dwa osobne pokoje stołowe dla Niemców i pracowników, a także trzy pokoje gościnne, w tym jeden przeznaczony dla odwiedzających Warszawę esesmanów z załogi obozu zagłady w Treblince.
Kamienica przy ul. Żelaznej 103 pełniła funkcję nie tylko stanowiska dowodzenia, lecz również prowizorycznego aresztu. W jej piwnicach więziono Żydów zatrzymanych pod różnymi zarzutami, w tym przede wszystkim osoby przyłapane podczas próby ucieczki na „aryjską stronę”. Trafiali tam także Polacy, których zatrzymano gdy nielegalnie przebywali na terenie getta; byli to najczęściej szabrownicy grabiący opustoszałe mieszkania. Piwnice kamienicy nr 103 szybko uległy zapełnieniu stąd areszt powiększono o jedną z piwnic kamienicy nr 101. Celę tę nazywano „ciemnicą”;