W konsekwencji w kwietniu 1941 roku zastąpił go SS-Obersturmbannführer , podczas gdy Magill objął niższe stanowisko – dowódcy dywizjonu konnego w 2. pułku kawalerii (Reitende Abteilung).
Od 22 czerwca 1941 roku służył na froncie wschodnim. Pod koniec lipca tegoż roku powierzono mu dowodzenie jednej z dwóch grup bojowych Brygady Kawalerii SS, których zadaniem była eksterminacja Żydów zamieszkujących bagienne obszary Polesia. W pierwszej fazie operacji Magill nazbyt literalnie zinterpretował rozkaz Reichsführera-SS Heinricha Himmlera, który nakazał kawalerzystom rozstrzeliwać żydowskich mężczyzn, a kobiety „spychać na bagna”. Zorientowawszy się, że zapędzanie kobiet i dzieci na bagna lub do zbiorników wodnych zazwyczaj nie skutkuje ich śmiercią przez utonięcie, nie podjął prób ich eksterminacji (czego oczekiwał Himmler), lecz ograniczył się do rozstrzeliwania mężczyzn. W konsekwencji liczba Żydów zamordowanych przez jego grupę bojową okazała się początkowo znacznie mniejsza, niż oczekiwali zwierzchnicy. W kolejnych dniach Magill zdołał się jednak częściowo „zrehabilitować”. Historycy szacują, że do 13 sierpnia 1941 roku dowodzeni przezeń kawalerzyści zamordowali na Polesiu od 11 tys. do 14 tys. Żydów, w tym co najmniej 7–8 tys.