W latach 1968/1969 opracowywała zbiory nagrań etnograficznych, zgromadzonych w Musée de l’Homme w Paryżu. Po powrocie na Florydę pracowała dwa lata (1970–1972) w Uniwersytecie Miami (School of Medicine). Badała na Mali kulturę rdzennego plemienia Dogonów oraz w Meksyku, kulturę grupy etnicznej Huiczole (1970). Uczestniczyła w badaniach Alana Lomaxa, których wyniki zamieszczono w wielokrotnie wznawianych publikacjach nt. miejsca pieśni ludowych w kulturze. Po przeprowadzce do Nowego Jorku związała się z Uniwersytetem Columbia.
W roku 1973 uzyskała stopień naukowy doktora Ph.D. w dziedzinie antropologii medycznej i psychologii w Uniwersytecie w Cincinnati, Ohio (Union Institute & University Cincinnati, Union Graduate School).
Mistrzowie zen Joan Halifax interesowała się buddyzmem w latach sześćdziesiątych XX wieku. Swoim pierwszym mistrzem zen nazywała Thích Nhất Hạnha – łagodnego wietnamskiego mnicha buddyjskiego, którego książki czytała w czasie studiów antropologicznych oraz w początkowym okresie działalności społecznej. Był autorem ponad 100 książek i poetą oraz znanym aktywistą ruchów pokojowych (w roku 1987 został nominowany przez Martina Luthera Kinga do Pokojowej Nagrody Nobla).