Murawiewa-Apostoła, który podczas organizacji Instytutu wzorował się na doświadczeniach hiszpańskich i francuskich, szczególnie na programach i strukturze paryskiej Politechniki oraz na Narodowej Szkole Mostów i Dróg w ParyżuZbigniew Opacki, Instytut Inżynierów Komunikacji w Petersburgu, Muzeum Miasta Gdyni [dostęp 2023-07-14].. Wszystkie przedmioty w Instytucie podzielono na trzy grupy. Pierwsza obejmowała nauki, które „wywierają bezpośredni wpływ na część inżynieryjną”, to jest matematykę, mechanikę, geometrię wykreślną oraz kurs budownictwa. Do drugiej grupy włączono przedmioty „sprzyjające kształceniu inżynierów” – architekturę, fizykę, chemię, mineralogię, astronomię, nauki wojskowe, a do trzeciej – „niezbędne w każdym rodzaju służby”; tu weszły: historia odkryć w naukach ścisłych, znajomość języków, geografia, literatura rosyjska. Geometria wykreślna została włączona do programu Instytutu w 1810 r., wyższa matematyka w 1811, statyka w 1812, dynamika w 1813, hydrostatyka i hydrodynamika w 1814, kurs budownictwa w 1816, a mechanika stosowana w 1823. Kadrę uczelni, dzięki umowie pomiędzy Aleksandrem I a cesarzem Napoleonem I, początkowo stanowili francuscy profesorowie na czele z termodynamikiem Benoît Clapeyronem (1799–1864) oraz matematykiem Gabrielem Lamé (1795–1870). Od 1810 r.