Krótko po przybyciu Francuzów na wyspy maltańskie, Sycylia objęła Maltę kwarantanną, w związku z czym Maltańczycy nie mogli ani pozyskać zaopatrzenia, ani eksportować bawełny do Hiszpanii, co pogłębiło nędzę „wielu maltańskich kobiet, które w dużym stopniu były zależne od dochodów z przędzenia bawełny”.
Przebieg powstania thumb|Casa Leoni, kwatera główna dowództwa powstańców maltańskich thumb|Mapa Baterii Tal-Borg, jednej z baterii zbudowanych przez Maltańczyków do ostrzeliwania francuskich pozycji i powstrzymywania ewentualnych kontrataków thumb|Kanonik Francesco Saverio Caruana, jeden z liderów powstańców maltańskich. Został później biskupem Malty
W niedzielę 2 września 1798 roku Francuzi próbowali splądrować Kościół Matki Bożej z Góry Karmel w Mdinie po bezskutecznej próbie sprzedaży majątku Braci Mniejszych w Rabacie. Tłum wydawał się zadowolony, że przeszkodził w sprzedaży i ucichł, lecz znaczna liczba mężczyzn z Żebbuġ i Siġġiewi w dalszym ciągu siała kłopoty. Maltańczycy domagali się wcielenia kraju do Królestwa Sycylii.