Francuski dowódca, kapitan Lazare Masson próbował rozproszyć tłum poprzez zastraszenie, ale został brutalnie zabity, gdy tłum wyrzucił go na ulicę z balkonu domu notariusza Pietro Antonio Bezziny, w którym ukrywał się przed narastającym tłumem. Następnie garnizon francuski zamknął bramy Mdiny. Maltańczycy chwycili całą broń, jaką tylko mogli, ale początkowe ataki na miasto nie powiodły się.
Wieść o powstaniu na wyspie Malcie się szybko rozniosła i 3 września mieszkańcy drugiej maltańskiej wyspy Gozo również wywołali rewoltę.
Powstanie na wyspie Malta Liczba mieszkańców Malty, przyłączających się powstania rosła bardzo szybko. Ruch oporu był coraz lepiej zorganizowany. Notariusz Saverio Zarb z Attard stanął na czele grupy, która zajęła małą zbrojownię w Pałacu San Anton i wysłał ludzi, aby pilnowali drogi San Giuseppe, łączącej Vallettę i Mdinę. Zdobyto także inną małą zbrojownię w Żebbuġ.
Następnego dnia, w poniedziałek 3 września 1798 roku szturm na Mdinę zakończył się sukcesem, a garnizon francuski został bezlitośnie zmasakrowany. Kontrofensywne działania ze strony Francuzów zakończyły się niepowodzeniem.