W ciągu pierwszych dwóch dni rewolty w szeregach powstańców życie straciło sześciu mężczyzn.
W ciągu kilku dni od wybuchu powstania, tysiące maltańskich partyzantów zepchnęło francuski garnizon do Valletty i na teren portu. Stolica Malty została otoczona przez około 10 tys. powstańców pod wodzą Emmanuela Vitale i kanonika Francesco Caruany, lecz forteca była za mocna do zdobycia przez siły nieregularne. Maltańczycy byli uzbrojeni w 23 działa i niewielką eskadrę kanonierek przybrzeżnych. Ostatecznie powstańcy zbudowali fortyfikacje oblężnicze otaczające port, co umożliwiło im prowadzenia bombardowań celów wroga.
Powstanie na wyspie Gozo Równolegle z wydarzeniami, które miały miejsce na Malcie, 3 września 1798 powstańcy na wyspie Gozo błyskawicznie zajęli przybrzeżne wieże i fortyfikacje, w tym baterie w Ramla i Marsalforn wraz z wieżami w Qolla l-Bajda, Xlendi, Dwejra, Ras il-Qala, Mġarr ix-Xini i na sąsiedniej wyspie Comino. Francuzi nadal okupowali Cytadelę Rabat, Fort Chambray i Wieżę Garzes.