Aż do następnego dnia rząd francuski w Valletcie wciąż nie był świadomy powstania w Gozo, na co wskazuje list napisany przez Francuską Komisję Rządową do władz wyspy Gozo.
Z trzech twierdz początkowo zajmowanych przez Francuzów po wybuchu rewolty, Wieża Garzes – wraz z jej siedmioma działami – została zdobyta przez powstańców w ciągu kilku dni przez batalion Xewkija, dowodzony przez Francesco Zammita wspomaganego przez Antonio Mallię ze swoimi ludźmi. Natomiast Fort Chambray ciągle był skutecznie broniony przez Francuzów. 8 września generał Vaubois próbował wysłać posiłki z Malty i uzyskać informacje o sytuacji na Gozo, ale jedyną wiadomością, jaką uzyskał, było to, że francuska flaga powiewa jedynie nad Cytadelą i Fortem Chambray.
Francuzi nie byli w stanie zbyt długo skutecznie kontrolować Fortu Chambray, dlatego też w nocy z 16 na 17 września udało im się ewakuować 60-osobowy garnizon. Od tego czasu pod kontrolą żołnierzy francuskich pozostawała jedynie Cytadela. 217-osobowy francuski garnizon miał do dyspozycji 36 dział, 6800 funtów prochu i 11 400 nabojów. Oblężonym żołnierzom brakowało żywności, posiadali jedynie większe zapasy kukurydzy, której nie można było przerobić na mąkę. Francuzi odmówili poddania się, przez co musieli zmierzyć się z coraz większym głodem.