18 września archiprezbiter i proboszcz kościoła w Rabacie, Saverio Cassar został wybrany na przywódcę powstania. Jego zastępcą został prawnik Fortunato Spiteri, pełniący rolę sekretarza. Kwatera główna powstańców została założona w Banca Giuratale (dziś siedziba Victoria Local Council – Rady Miejskiej w Victorii). Błyskawicznie wyznaczono lokalnych komendantów, którzy byli odpowiedzialni za koordynowanie działań powstańców w celu wypędzenia Francuzów z cytadeli. Stworzono również stałe punkty kontroli w przybrzeżnych wieżach i fortyfikacjach, aby uniemożliwić oblężonym żołnierzom francuskim otrzymanie posiłków z Malty. Główne siły powstańcze skierowano na wzgórze Il-Gelmus, z którego rozciągał się widok na okupowaną przez Francuzów Cytadelę.
Saverio Cassar podjął szereg działań, mających na celu utrzymanie wysokiego morale wśród powstańców. Większość z nich porzuciła swoje pola uprawne, dlatego też niezbędne było zapewnienie im wynagrodzenia, potrzebnego do wyżywienia rodzin. Fundusze zebrano poprzez zbiórki powszechne i nałożenia podatków na zamożnych, w tym na duchownych, którym obiecano zwrot pieniędzy po zakończeniu walk. Zebrane środki zostały rozdzielone pomiędzy dowódców batalionów na zakup produktów pierwszej potrzeby wśród podległych im żołnierzy.