Największe znaczenie zyskali Samanidzi z Sogdiany.

Najazdy Mongołów i rządy Timura W XIII wieku ziemie dzisiejszego Uzbekistanu uległy najazdowi Mongołów, a następnie zostały podzielone między ułus Dżocziego i Czagataja. Z biegiem czasu władza na tych terenach uległa jeszcze silniejszej decentralizacji. W latach 1366-1370 dokonane przez Timura zjednoczenie zapoczątkowało czasy wielkiego imperium. Za jego rządów nastąpił rozkwit polityczny, gospodarczy jak i architektoniczny.

Panowanie rosyjskie Zachodni historycy rozpatrują historie Uzbekistanu od wieku XIV, ze względu na brak bezpośrednich granic między działalnością poszczególnych ludów zamieszkujących tereny Azji Środkowej. Nauka sowiecka zaś doszukiwała się ich już w antyku. W XIV wieku nastąpiły podboje tureckich plemion uzbeckich, które utworzyły konkurujące ze sobą chanaty ze stolicami w Chiwie i Bucharze. Od drugiej połowy XVI wieku do wieku XVII dominował chanat bucharski, aż w roku 1747 został przekształcony w Emirat Bucharski. Również w XVII wieku w wyniku buntu, oderwała się od niego prowincja znajdująca się na terenach dzisiejszej Kotliny Fergańskiej i utworzyła chanat kokandzki.