Niesie to jednak ze sobą ryzyko, ponieważ Hugo zaczyna panikować, gdy zostanie sam i może przyciągać uwagę wrogów. W dalszej fazie gry gracz może przejąć kontrolę nad Hugo, który nie może tworzyć przedmiotów, ale potrafi kontrolować szczury i przemykać przez małe przestrzenie.
Fabuła Akcja gry rozpoczyna się w 1348 roku. Amicia de Rune to 15-letnia francuska dziewczyna szlachetnego pochodzenia, mieszkająca w Akwitanii podczas wojny stuletniej między Anglią a Francją. Jej 5-letni brat, Hugo, jest chory od urodzenia; ich matka, alchemiczka Béatrice, ukryła go w swej posiadłości, próbując opracować lekarstwo. Podczas polowania z ojcem Robertem w lesie Amicia napotyka na ziemi niezwykłą substancję, a jej pies, Lion, zostaje rozszarpany przez niewiadome siły. Oddziały francuskiej inkwizycji pod wodzą Lorda Nicholasa przybywają do majątku de Rune w poszukiwaniu Hugo, mordują Roberta i służbę rodziny. Béatrice pomaga swoim dzieciom uciec i instruuje Amicię, by zabrała Hugo do doktora Laurentiusa.