W późniejszych latach DFS przekształcił swój profil działalności i ukierunkował się na badania i testy związane z rozwojem konstrukcji militarnych. W 1944 r. DFS został przeniesiony do Ainring, gdzie powstał duży kompleks lotniczy zajmujący się badaniami nad rozwojem nowych rodzajów broni. Instytut dysponował lotniskami w Ainring, Hörsching i Neuburg an der Donau. Ponadto wykorzystywano ośrodki testowe Luftwaffe, w tym Rechlin i Tarnewitz. Ponadto pracowano nad badaniem niekonwencjonalnych urządzeń. Jednym z nich był Personenabwurfgerät (PAG) – pojemnik do zrzutu trzech osób z wyposażeniem osobistym. Miał być przeznaczony do operacji specjalnych, m.in. wykonywanych przez osoby nie mające przeszkolenia spadochronowego. Badania nad zagadnieniem holowania szybowców transportowych za pomocą samolotów słabosilnikowych montowanych na grzbiecie szybowca doprowadziły w DFS do stworzenia i opracowania Mistela. W trakcie prac wypracowano założenia konstrukcyjne tego układu oraz zasady jego użycia jako niekierowanych bomb latających. thumb|left|DFS 228 na samolocie-nosicielu Do 217 W DFS eksperymentowano z nowatorskimi rozwiązaniami związanymi z wykorzystaniem szybowców.