Wychowankowie szkoły i jej profesorowie brali udział w wydarzeniach politycznych, m.in. w walkach ze Szwedami i odsieczy wiedeńskiej. W 1735 roku w pijarzy rzeszowscy przyczynili się do zawarcia pokoju po konfederacji dzikowskiej, podpisanego w tutejszym kościele. W 1772 roku wskutek I rozbioru Polski wyniszczone miasto weszło w skład imperium Habsburgów. Odmienna administracja i normy prawne panujące wówczas w rządzonej przez Marię Teresę i jej syna Józefa II spowodowały reformy i zmiany w nowo powstałej Galicji. W 1786 r. wszystkie istniejące w zaborze austriackim klasztory uległy kasacie.
Czasy zaboru (1786–1918) i dwudziestolecia międzywojennego (1918–1939) mały|lewo|Widok kościoła około 1920 mały|lewo|]Kościół i gimnazjum, około 1903 Reformy austriackie nie ominęły również szkoły prowadzonej przez zakonników. Przemianowano ją wówczas na świeckie Cesarsko-Książęce Wyższe Gimnazjum, które miało charakter szkoły publicznej. Jako język wykładowy wprowadzono język niemiecki. Szkoła nadal funkcjonowała w skrzydle północnym. Jednoskrzydłowy budynek szkolny został w latach 1834–1835 przebudowany i powiększony przez Eliasza Rejcha, następnie w 1872 r.