dobudowano doń dwa skrzydła (północne i wschodnie) Tworząc częściowo otwarty dziedziniec, ograniczony przez stare mury miejskie, kościół i zabudowania szkoły. Skrzydło południowe zostało wykorzystane jako siedziba nowych urzędów austriackich. Sam kościół w znacznym stopniu został po kasacie klasztoru ogołocony z wyposażenia liturgicznego, m.in. srebrnej monstrancji i złotej lampki wiecznej oraz cennych ornatów. Kościół został w praktyce zamknięty. Mylnie wpisany wraz z całym konwentem jako własność państwa. Kościołem opiekowali się księża diecezjalni – katecheci ze szkoły. Za proboszcza uważał się dyrektor, klucze były u tercjarzaPortal diecezji rzeszowskiej. Z tego okresu pochodzi jeszcze czasami używane określenie kościoła jako kościoła studenckiego. W nieczęsto odprawianych mszach faktycznie uczestniczyli wówczas przede wszystkim "studenci" pobliskiego Wyższego Gimnazjum. W XXI wieku duszpasterstwo studenckie działa przede wszystkim przy kościołach św. Jacka i św. Jadwigi. Do 1970 r. był to wyłącznie kościół rektoralny. Pod koniec XIX wieku wewnątrz kościoła przeprowadzono drobny remont, staraniem księdza Stanisława Grynickiego, późniejszego proboszcza parafii farnej.