Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości w 1918 r. sytuacja korzystania z kościoła i jego statusu kościelnego nie zmieniła się. Jednak, jako bardzo ważny zabytek, został otoczony opieką. W latach 1920–1922 budynek poddano restauracji, a remont wnętrza przypieczętowano kupnem nowych organów (1930), produkcji wiedeńskiej firmy Rieger, którego dokonał ks. Maurycy Turkowski z datków uczniów. W północnej, znacznie rozbudowanej części konwentu nadal swoją działalność, jako I Gimnazjum i Liceum kontynuuje ośrodek dydaktyczny, natomiast w miejsce urzędów austriackich wprowadzają się polskie, głównie miejskie instytucje.
II wojna światowa i lata powojenne Po wkroczeniu do miasta wojsk niemieckich budynki konwentu, gdzie dotychczas mieściły się urzędy polskie, natychmiast przysposobiono na siedzibę biurokracji okupantów. Kościół zyskał miano Wehrmachtskirche i pełnił rolę kościoła wojskowego. W trakcie działań wojennych nie udało się ocalić kompleksu od zniszczeń. Ucierpiał budynek samej świątyni – w trakcie bombardowań zniszczono m.in. wieżę południową i dach. Wstępnych reparacji dokonano niemal natychmiastowo, natomiast odbudowę przeprowadzono w latach pięćdziesiątych. Krokiem milowym było objęcie rektoratu przez Walentego Bala, który od 1970 r.