Od około 1570 do początku XVIII wieku działalność inkwizycji na Sardynii skoncentrowana była na ściganiu pomniejszych występków przeciwko wierze i moralności. Wbrew początkowym obawom władz, przypadki przenikania idei protestanckich na wyspę były sporadyczne. Odnotowano bardzo niewiele wyroków śmierci. Istotnym wydarzeniem była zlecona przez Supremę wizytacja w latach 1613/14; raport sporządzony przez wizytatora zawiera wiele cennych informacji o wczesnej historii trybunału.
Trybunał inkwizycyjny na Sardynii działał do roku 1708, gdy w trakcie wojny o sukcesję hiszpańską Hiszpania utraciła kontrolę nad wyspą, a miejscowy inkwizytor wyjechał do Hiszpanii. Wprawdzie po krótkotrwałym odbiciu Sardynii przez Hiszpanów 1718 mianowano dwóch nowych inkwizytorów, ale faktycznie nie podjęli oni działalności na wyspie. Formalne zniesienie inkwizycji nastąpiło na podstawie dekretu nowego króla Sardynii Wiktora Amadeusza II Sabaudzkiego z dnia 20 maja 1720, na podstawie którego dotychczasowe kompetencje inkwizycji przekazano w ręce sądów biskupich.