XIX w. Wraz z objęciem tronu przez Joachima Murata w 1808 roku zmienił się zarządca Teatru – od lipca 1809 roku został nim Domenico Barbaja, nazywany księciem impresariów.
Od początku XIX w. w Teatrze San Carlo wystawiano kompozytorów takich, jak Rossini i Donizetti, a sztuka stała się bardziej dostępna dla ludu.
4 października 1815 roku 23-letni kompozytor Gioacchino Rossini napisał swoją pierwszą operę w San Carlo, Elisabetta Regina d’Inghilterra (w obsadzie m.in. Isabella Colbran, , Manuel García). Później napisał takie opery, jak: Armida, Mosè in Egitto, Ricciardo e Zoraide, Ermione, La Gazza Ladra i Zelmira.
Kompozytor z Bergamo, Gaetano Donizetti, napisał dla San Carlo 17 oper; wśród nich znajdują się Maria Stuarda, i Lucia di Lammermoor, której premiera odbyła się w Teatrze San Carlo 26 września 1835 roku.
Pożar i odbudowa Teatru W nocy z 13 na 14 lutego 1816 roku pożar zniszczył budynek Teatru San Carlo;