W Moskwie Afanasjew pracował jako tkacz najpierw w fabryce Fiłonowa, a następnie w Manufakturze Prochorowskiej. Nadal propagował idee socjalistyczne wśród robotników. Śledzony przez policję, w kwietniu 1892 r. Afanasjew wrócił do Petersburga i przez pewien czas pracował w Zakładach Bałtyckich jako robotnik niewykwalifikowany. We wrześniu tego samego roku został aresztowany i spędził rok w więzieniu na Tagance. Następnie został zmuszony do wyjazdu do rodzinnej wsi Jazwiszcze, gdzie miał przebywać na stałe pod nadzorem policyjnym. W grudniu 1894 r., gdy policja zakończyła śledztwo w sprawie grupy Brusniewa, został w trybie administracyjnym skazany na rok więzienia. Karę odbył w petersburskich Kriestach, po czym ponownie przewieziono go do Jazwiszcz pod nadzór policyjny. Otrzymał zakaz powrotu do Petersburga.