W 1901 r. krótko przebywał w Petersburgu, następnie w rodzinnej wsi, w Pawłowskim Posadzie i wreszcie w Szui, gdzie podjął pracę w fabryce Nieburcziłowa. W Szui stworzył komórkę Socjaldemokratycznej Partii Robotniczej Rosji i nawiązał kontakt z partyjnym Komitetem Północnym oraz organizacją iwanowsko-wozniesieńską. W listopadzie 1903 r. został ponownie aresztowany w ramach szerszej policyjnej operacji wymierzonej w iwanowsko-wozniesieńską organizację socjaldemokratów. Po raz drugi z braku dowodów wyszedł na wolność po dwóch miesiącach. W styczniu 1904 r. zamieszkał nielegalnie, wbrew nałożonemu zakazowi, w Iwanowie-Wozniesieńsku. Na początku 1905 r. zaczął pełnić obowiązki sekretarza iwanowsko-wozniesieńskiej organizacji partyjnej. W lipcu tego samego roku została ona podniesiona do rangi samodzielnego komitetu partyjnego, na czele którego stanął Fiodor Afanasjew.
Kierowana przez Afanasjewa organizacja współorganizowała strajk generalny w Iwanowie-Wozniesieńsku, który zaczął się pod koniec maja 1905 r.A. Asher, The Revolution of 1905. Russia in Disarray, Stanford University Press, Stanford 1988, ISBN 978-0-8047-2327-5, s. 146-147.