Kariera akademicka i badania naukowe Tematyka badań Pfeffera obejmowała badanie relacji władzy, antropologię pokrewieństwa i antropologia religii. Prowadził badania terenowe w Indiach i Pakistanie od 1968 r. Badał rdzenne grupy społeczne i system kastowy Indii i Pakistanu. W późniejszej połowie lat 60. przeprowadził swoje pierwsze etnograficzne badania terenowe, a przedmiotem badań byli „niedotykalni zamiatacze” z Lahore.
W 1971 r. dołączył do Instytutu Azji Południowej Uniwersytetu w Heidelbergu jako asystent. W latach 70. przeprowadził również drugie w swojej karierze badanie terenowe dotyczące roli braminów wedyjskich w Świątynia Jagannatha w Puri w Odisha w Indiach. W Odisha prowadził badania terenowe wyłącznie na początku. Później prowadził tam badania z grupą naukowców z Indii i Niemiec. Przez kilkadziesiąt lat niemal co roku przebywał wśród mieszkańców Odishy.