Po zakończeniu wojny Agnes podjęła decyzję by kontynuować pracę jako cywil na poczcie. Z wyjątkiem dwu letniej przerwy, podczas której pracowała w prywatnej firmie, została liderem kryptologii dla amerykańskiej marynarki do 1949 roku.
W 1920, kiedy kontynuowała swoją pracę dla marynarki, Meyer podjęła naukę w laboratorium Riverbank w Genevie w stanie Illinois, gdzie pracowali jej znajomi – łamacze kodów, w tym William F. Friedman i Elizabeth Smith Friedman. Agnes jest również znana z pracy dla Amerykańskiej Czarnej Izby ufundowanej przez Herberta Yardleya. To była pierwsza, pokojowa amerykańska agencja łamaczy kodów, postanowili oni łamać kody w korespondencjach dyplomatycznych.
Jej starania nie ograniczały się tylko do systemów manualnych, zajmowała się również rozwijającą się technologią maszynową, stosowaną zarówno do tworzenia, jak i łamania szyfrów. Podczas pierwszych dni w sekcji szyfrów i łączności, współtworzyła jedną z maszyn szyfrujących amerykańskiej marynarki – „Maszynę Komunikacyjną”. Została ona standardowym urządzeniem szyfrującym dla marynarki przez większość lat 20 XIX wieku.