Wrócili do pracy w GCHQ w 1962 roku, gdzie Clarke pozostała do 1977 roku, kiedy to przeszła na emeryturę w wieku 60 lat.https://web.archive.org/web/20160916040652/http://www.britnumsoc.org/publications/Digital%20BNJ/pdfs/1986_BNJ_56_13.pdf
Po śmierci męża w 1986 roku Clarke przeniosła się do Headington w hrabstwie Oxfordshire, gdzie kontynuowała badania nad numizmatyką. W latach 80. pomogła Sir Harry'emu Hinsleyowi w opracowaniu dodatku do tomu 3, część 2 British Intelligence in the Second World WarErskine, Ralph (2004). "Murray [Clarke], Joan Elisabeth Lowther (1917–1996)". Oxford Dictionary of National Biography. Vol. 1 (online ed.). Oxford University Press. . Pomagała również historykom badającym łamanie kodów w czasie wojny w Bletchley Park.
Zainteresowanie numizmatyką Po spotkaniu swojego męża, który opublikował pracę na temat szkockich monet z XVI i XVII wieku, Clarke zainteresowała się historią numizmatyki. Jej badania zostały docenione przez Brytyjskie Towarzystwo Numizmatyczne, gdy w 1987 otrzymała Złoty Medal Sanford Saltus.
Śmierć W dniu 4 września 1996 roku Clarke zmarła w swoim domu przy 7 Larkfields, Headington Quarry.
Upamiętnienie Adres jej ostatniego zamieszkania uhonorowano niebieską tablicą (ang. blue plaque) w 2019 roku.