Wstępne ustalenia przewidywały utworzenie czterech Einsatzgruppen, z których każda miała liczyć po 500 osób. Tym samym w planowanej operacji miało wziąć udział łącznie 2 tys. funkcjonariuszy, z czego około 350–450 zapewnić miało SD. Wstępnie wybrano również dowódców czterech grup oraz wskazano przybliżone miejsca koncentracji i marszruty. Na tym etapie nazistowscy przywódcy nie wykluczali, że po pokonaniu Polski na jej południowo-wschodnich Kresach zostanie utworzone marionetkowe państwo ukraińskie. Ewentualnym „użyciem oddzielnych komand dla Ukrainy” zająć miał się SS-Brigadeführer Jost.
Pod nieobecność Heydricha za całość przygotowań, w tym zwłaszcza za aspekty organizacyjne, miał odpowiadać Best. W lipcu i sierpniu 1939 roku – przy ścisłej współpracy z Schellenbergiem i w oparciu o podległe sobie referaty Urzędu Administracji i Prawa w Głównym Urzędzie Policji Bezpieczeństwa oraz wydział I Urzędu Tajnej Policji Państwowej (Gestapo Amt) – Best utworzył normatywny, personalny i techniczny szkielet Einsatzgruppen. Wcześniej, bo już w czerwcu, oficerowie SS, którzy mieli stanowić kadrę dowódczą przewidywanej operacji przeciwko Polsce, przeszli dwuipółtygodniowe szkolenie w szkole SD w Bernau bei Berlin.