Servando Castro zajmował rozmaite stanowiska w kierownictwie Niezależnego Kościoła Filipińskiego. Cieszył się znaczącym autorytetem zarówno wśród duchowieństwa, jak i świeckich wiernych. Uznawany był za przywódcę teologicznie konserwatywnego skrzydła wspólnoty. Uważał, że jej praktyka oraz wierzenia nie powinny oddalać się zanadto od katolicyzmu. Odrzucał zwierzchność papieską, ale już zbyt daleko idąca reforma liturgiczna budziła jego sprzeciw. Do końca życia zachował również celibat. Odróżniał się tym wyraźnie od Aglipaya, który chętnie sięgał po rozmaite teologiczne innowacje, kwestionował boskość Chrystusa, a odrzucając celibat w 1939 ożenił się. Castro był przy tym jednym z istotnych uczestników debaty o naturze Osób Boskich, która toczyła się w pierwszych dekadach istnienia IFI, kształtując w dużej mierze doktrynę oraz wewnętrzną politykę młodej denominacji. Bronił w niej poglądu o istnieniu Trójcy Świętej. W 1929 wraz z częścią duchowieństwa sprzeciwił się nawiązaniu sformalizowanych relacji z ruchem unitariańskim. W 1940 wymógł oparcie kościelnej doktryny na formule trynitarnej. Utorował tym samym drogę reintegracji Kościoła z chrześcijaństwem głównego nurtu, czyniąc zeń ponownie wspólnotę zasadniczo narodowokatolicką.