Pomimo wielokrotnej przewagi liczebnej oraz prawdopodobnego użycia techniki oblężniczej, wojskom cesarskim nie udało się przełamać bram miasta. Wśród wojsk najeźdźców zaczęła masowo szerzyć się czerwonka, wywołana zatruciem potoku przepływającego przez miasto. Źródła podają, że kutnohorscy górnicy celowo zatruli wodę nieczystościami, obornikiem lub żużlem powstającym przy obróbce srebra, co doprowadziło do masowego zachorowania wojsk najeźdźców. Z powodu zatrucia wody miało zginąć nawet kilka tysięcy oblegających. Nad wojskami Albrechta zawisło dodatkowe niebezpieczeństwo: zbliżająca się zima, kurczące się zapasy żywności oraz doniesienia o czeskiej armii gromadzącej się w okolicach Nymburka. Siły te wspierali brandenburscy książęta Heřman i Otto zwany Ze Strzałą, a także brandenburscy margrabiowie i hrabia Ruprecht z Nassau. Skuteczne akcje zaczepne i dywersyjne przeprowadzali również lokalni możnowładcy, spośród których szczególnie wyróżniał się Dětoch z Hořepníka. Prawdopodobnie jeszcze przed nadejściem zimy wojska oblegające miasto rozpoczęły pośpieszny odwrót w kierunku Austrii, ścigane przez czeską armię oraz oddziały kutnohorskie dowodzone przez Jindřicha z Lipé i Jana z Vartenberka.