W 1539 król Franciszek I formalnie przekazał sprawy o herezję do kompetencji parlamentów, marginalizując inkwizytorów, którzy, choć wciąż zachowywali pewną autonomię (zwłaszcza w procesach przeciwko duchownym), faktycznie stali się zaledwie teologicznymi doradcami sądów parlamentarnych .
Parlamenty regionalne
Od XV w. w niektórych regionach Korony Francuskiej zaczęły powstawać lokalne parlamenty, które pełniły funkcje parlamentu paryskiego na danym obszarze. Pod koniec XVIII było ich ok. 13. Parlament paryski pozostał najważniejszym z nich i był brany za wzór. Dążył też do rozszerzenia swojej właściwości terytorialnej na cały kraj. W XVII w. obejmował swoją jurysdykcją połowę Francji.
W wyniku tych odrębności prawo francuskie nie stanowiło jednolitego systemu, a w poszczególnych regionach obowiązywały inne prawa. W niektórych przewagę stanowiło prawo zwyczajowe, a w innych nastąpiła recepcja prawa rzymskiego. Orzecznictwo poszczególnych parlamentów pogłębiało te różnice.