W sezonie 2024/25 rozegrał 29 meczów w Ligue 1, zdobywając 5 bramek i notując 4 asysty. W Lidze Europy wystąpił w 10 spotkaniach, strzelając 6 goli i notując 1 asystę. W marcu 2025 roku strzelił dublet w wyjazdowym meczu 1/8 finału Ligi Europy przeciwko FCSB w Bukaresztcie, przyczyniając się do zwycięstwa 3:1. Obie bramki strzelił po podaniach Rayana Cherkiego.
Sezon zakończył z 17 udziałami przy bramkach we wszystkich rozgrywkach, w tym 8 w 10 meczach europejskich. Za swoje występy otrzymał nominację do nagrody Golden Boy.
Sezon 2025/26 W sezonie 2025/26 jest jednym z kluczowych zawodników Lyonu. Jego występy przyciągnęły uwagę największych europejskich klubów, w tym Chelsea i Liverpool. Lyon wycenia zawodnika na około 50 milionów euro.
W grudniu 2025 roku Fofana podpisał nowy kontrakt z Lyonem, przedłużając umowę do 30 czerwca 2029 roku. Do stycznia 2026 roku w sezonie 2025/26 rozegrał 20 meczów w Ligue 1, zdobywając 6 bramek i notując 5 asyst. W Lidze Europy wystąpił w 6 spotkaniach, strzelając 3 gole.
Łącznie w Lyonie rozegrał 86 meczów, zdobywając 20 bramek i notując 11 asyst we wszystkich rozgrywkach.