5 listopada 1940 roku, po wprowadzeniu ustaw antyżydowskich, Gallimard niespodziewanie zwolnił Jacques’a Schiffrina, twórcę i redaktora prestiżowej serii Bibliothèque de la Pléiade, który następnie uciekł do Stanów Zjednoczonych. Decyzja ta wywołała konsternację Rogera Martina du Garda i oburzenie André Gide’a. Doprowadziła też do sporu prawnego i finansowego między Gallimardem a Schiffrinem o wysokość praw tego drugiego do serii w zestawieniu z zyskami, jakie przynosiła wydawnictwu„La Pléiade, une légende dorée”, Le Monde diplomatique, s. 27..
W 1943 roku, po rezygnacji Drieu la Rochelle’a, Gallimard odmówił dalszego wydawania NRF, którego kierownictwo chciał przejąć pisarz Ramon Fernandez. Odmówił również wydania pamfletu Luciena Rebateta Les Décombres.
Okres powojenny Dzięki zdecydowanemu poparciu pisarzy związanych z ruchem oporu (Alberta Camusa, André Malraux) oraz staraniom Jeana Paulhana Gallimard zdołał uchronić wydawnictwo przed sankcjami ekonomicznymi i zawodowymi nakładanymi po wojnie we Francji.