Zmarł w nocy 3 czerwca 1849 roku w ramionach przyjaciela Morosiniego, który sam został ciężko ranny w tych samych starciach. Jego śmierć stała się symbolem poświęcenia pokolenia młodych włoskich patriotów, którzy oddali życie w walce o niepodległość, a jego postać – jednym z symboli bohaterskiej obrony Republiki Rzymskiej.
Pochówek i pamięć Zwłoki Dandolo i przyjaciela Morosiniego (zmarłego 1 lipca 1849) zostały przewiezione morzem do Genui na początku września 1849 roku. Stamtąd, po odmowie pozwolenia na lądowanie przez władze, szczątki przewieziono do Arony i do miejscowości Magadino (dzisiejsza część gminy Gambarogno w kantonie Ticino), a następnie do Vezii. 12 września 1849 roku pochowano ich wspólnie w kaplicy w ogrodzie Villa Negroni (zwanej też Villa Morosini). Hrabia Tullio Dandolo, ojciec Enrica i Emilia, próbował uzyskać zezwolenie od rządu austriackiego na pochowanie syna w kaplicy rodzinnej w Adro (prowincja Brescia), ale warunki narzucone przez władze austriackie były zbyt upokarzające dla rodziny.