Program prób w locie wykazał zarówno zalety, jak i istotne ograniczenia nowej koncepcji, co ostatecznie doprowadziło do zakończenia projektu bez wdrażania konstrukcji do produkcji seryjnej.
Łącznie zbudowano trzy egzemplarze Do 29, z czego dwa zostały ukończone i oblatane (V1 i V2), natomiast trzeci pozostał nieukończony. Zachowane samoloty trafiły do zbiorów muzealnych w Niemczech. Próby w locie wykazały, że wcześniej deklarowane osiągi były zbyt optymistyczne: rzeczywista prędkość przelotowa wynosiła około 240 km/h, a minimalna prędkość lotu około 70 km/h. Pomimo tego Do 29 spełnił swoją rolę jako platforma badawcza, dostarczając cennych danych na temat zastosowania wektorowania ciągu w samolotach STOL. Prototyp V1 był przechowywany w zakładzie Dornier. W 1986 r. został przekazany do Wehrtechnische Studiensammlung, następnie w 1992 r. do Niemieckiego Muzeum Sił Powietrznych. Stamtąd w marcu 2009 r. został przekazany do Muzeum Dorniera w Friedrichshafen.