W listopadzie 1940 roku wszedł w skład utworzonej w getcie Naczelnej Izby Kontroli. 17 stycznia 1941 roku objął funkcję zastępcy Przełożonego Starszeństwa Żydów w Łodzi Chaima Rumkowskiego, w lutym 1941 roku wszedł w skład nowo utworzonej Komisji Doradczej. W lutym 1941 roku w imieniu Rumkowskiego udał się do getta warszawskiego w celu sprowadzenia do Łodzi lekarzy, w tym samym miesiącu został przez niego wyróżniony dyplomem uznania.
W kwietniu 1941 roku popadł jednak w konflikt z Rumkowskim i został pozbawiony wszystkich stanowisk. Na stanowisku kierownika Wydziału Zdrowia zastąpił go dr Wiktor Miller, a nowymi zastępcami Rumkowskiego zostali we wrześniu tego samego roku Leon Rozenblat i Aron Jakubowicz. Prawdopodobnie spowodowane było to „dyktatorskimi zapędami” Szykiera w Wydziale Zdrowia i zatargiem z jego kierownikiem administracyjnym, Józefem Rumkowskim, bratem Przełożonego Starszeństwa Żydów.
Następnie Szykier pracował jako lekarz w Wydziale Zdrowia, pełniąc m.in. funkcję ordynatora szpitala przy ulicy Łagiewnickiej 34/36. Po likwidacji getta łódzkiego, w październiku 1944 roku został deportowany do obozu Sachsenhausen, skąd został uwolniony w kwietniu 1945 roku.