Uproszczenia minisuperspace nie rozwiązują wszystkich problemów pełnej teorii. Usuwają większość lokalnych stopni swobody i zwykle zakładają już z góry wysoki poziom symetrii, dlatego wyniki należy traktować jako modele pojęciowe lub testy metod, a nie bezpośredni opis pełnej kwantowej czasoprzestrzeni.
Trudności matematyczne Równanie Wheelera-DeWitta jest formalne również z powodów matematycznych. Iloczyny operatorów różniczkowania funkcyjnego w tym samym punkcie wymagają regularyzacji, a kolejność operatorów po kwantowaniu nie jest jednoznaczna. Dodatkowo trzeba określić odpowiednią przestrzeń stanów, iloczyn skalarny i warunki, które pozwolą odróżnić rozwiązania fizyczne od artefaktów wybranego zapisu.
Problemem jest także tak zwany problem obserwabli: w teorii ogólnie kowariantnej wielkości fizyczne powinny być niezmiennicze względem przekształceń cechowania, ale takie obserwable są trudne do jawnego skonstruowania w pełnej grawitacji. W rezultacie równanie Wheelera-DeWitta jest często traktowane jako punkt wyjścia i test spójności idei, a nie jako samowystarczalne narzędzie obliczeniowe dla ogólnej kwantowej grawitacji.