W badaniu kontrolowanym za pomocą placebo działania niepożądane występujące częściej u pacjentów otrzymujących Elevidys obejmowały między innymi wymioty, nudności, zaburzenia czynności wątroby i gorączkę.
W listopadzie 2025 roku FDA zatwierdziła zmiany w oznakowaniu leku, obejmujące ostrzeżenie () przed ciężkim uszkodzeniem wątroby i ostrą niewydolnością wątroby, w tym przypadkami śmiertelnymi. Zmiany te nastąpiły po zgłoszeniach śmiertelnej ostrej niewydolności wątroby u niechodzących pacjentów z DMD leczonych Elevidys. W informacji o produkcie podano, że początek uszkodzenia wątroby zwykle występował w ciągu 8 tygodni po podaniu leku.
Stosowanie leku jest przeciwwskazane u pacjentów z delecją obejmującą ekson 8 i/lub ekson 9 genu DMD, w całości albo w części, ze względu na zwiększone ryzyko ciężkiego . Wśród innych istotnych zagrożeń opisanych w informacji o produkcie wymieniono poważne zakażenia, zapalenie mięśnia sercowego, reakcje związane z infuzją, w tym reakcje nadwrażliwości i anafilaksję, oraz immunologiczne zapalenie mięśni.