Większość przypisuje to pracy rabina Izaaka Natana ben Kalonymusa dla pierwszej konkordancji Tanachu około 1440 roku.
Pierwszą osobą, która podzieliła rozdziały Nowego Testamentu na wersety, był włoski dominikanin i biblista Santes Pagnino (1470–1541), ale jego system nigdy nie został powszechnie przyjęty. Jego podziały na wersety w Nowym Testamencie były znacznie dłuższe niż te znane dzisiaj. Paryski drukarz Robert Estienne stworzył inną numerację w swoim wydaniu greckiego Nowego Testamentu z 1551 roku, która została również użyta w jego francuskim wydaniu Biblii z 1553 roku. System podziału Estienne'a został powszechnie przyjęty i to właśnie ten system można znaleźć w prawie wszystkich współczesnych Bibliach. Estienne opublikował Wulgatę w 1555 roku, która jest pierwszą Biblią zawierającą numery wersetów zintegrowane z tekstem. Wcześniej drukowano je na marginesach.