Po zajęciu miasta rząd włoski zamierzał pozwolić papieżowi zachować część Rzymu na wzgórzu watykańskim na zachód od Tybru, zwaną Miastem Leona (od murów zbudowanych przez papieża Leona IV), jako niewielką pozostałość Państwa Kościelnego. Chociaż Pius IX odmówił zawarcia jakiegokolwiek formalnego porozumienia, dowództwo włoskie postanowiło nie forsować papieskich murów. Tydzień po wkroczeniu do Rzymu wojska królewskie obsadziły resztę miasta, pozostawiając papieżowi faktyczną, choć nieuregulowaną prawnie kontrolę nad terytorium wzgórza watykańskiego. 2 października w prowincjach Lacjum odbył się zbojkotowany przez katolików wiernych papieżowi plebiscyt, w którym obywatele zagłosowali za przyłączeniem do Królestwa Włoch (98% oddanych głosów było za aneksją). Po naradzie z kardynałami, Pius IX zdecydował się nie udawać na wygnanie i pozostał w Rzymie.
Utrata Kwirynału i ustawa gwarancyjna mały|Tron papieski w Pałacu Kwirynalskim Przez około 250 lat główną rezydencją papieży był Pałac Kwirynalski. Kiedy król Wiktor Emanuel II przeniósł stolicę nowo powstałego państwa włoskiego z Florencji do Rzymu, zarekwirował Kwirynał na swoją rezydencję państwową.