Decyzją Ministerstwa Oświaty i Szkolnictwa Wyższego został powołany od 1 października 1968 r. na stanowisko dziekana Wydziału Automatyki Politechniki Śląskiej. Decyzją rektora Politechniki Śląskiej jest powoływany na tę funkcję jeszcze dwukrotnie i pełnił ją do roku 1973. W latach 1969–1971 pracował na stanowisku kierownika Katedry Technologii Urządzeń Automatyki. W 1971 r. uchwałą Rady Państwa został mu nadany tytuł naukowy profesora nadzwyczajnego. W latach 1971–1974 był dyrektorem Instytutu Konstrukcji i Technologii Urządzeń Automatyki i Elektroniki, a następnie na dyrektorem Instytutu Konstrukcji i Technologii Urządzeń Automatyki i Informatyki Politechniki Śląskiej. Był konsultantem ds. automatyzacji w Hucie „Zawiercie” (1969–1974). W latach 1971–1975 kierował zespołem badawczym realizującym dwa tematy z problemu węzłowego 06.1.2. W 1977 r. został dyrektorem Instytutu Automatyki, powstałego w wyniku reorganizacji Wydziału Automatyki i Informatyki. W latach 1976–1981 pod kierunkiem prof. Henryka Kowalowskiego w Instytucie Automatyki powstała seria opracowań dla Fabryki Samochodów Małoli­trażowych w Bielsku-Białej na temat harmonogramowania – również przy wykorzystaniu robotów przemysłowych – wybranych dyskretnych procesów technologicznych.