Jego ponadnarodowa struktura oraz zależność od Stolicy Apostolskiej powodowały, że komuniści postrzegali go jako ideologicznego i politycznego przeciwnika.
Na ziemiach czeskich Kościół zyskał po wojnie autorytet związany z prześladowaniem duchownych przez okupacyjne władze niemieckie oraz udziałem katolików w ruchu oporu. Ponad 70 czeskich księży zostało straconych albo zmarło w nazistowskich więzieniach i obozach koncentracyjnych, a ponad 300 było więzionych. Do byłych więźniów należał późniejszy arcybiskup praski Josef Beran.
Pierwsze ograniczenia działalności instytucji katolickich wprowadzano jeszcze przed lutym 1948 roku. Nacjonalizacja szkolnictwa doprowadziła do odebrania Kościołowi szkół i internatów. Po komunistycznym przewrocie rozpoczęto systematyczne usuwanie organizacji katolickich z życia publicznego, ograniczanie prasy religijnej oraz przejmowanie instytucji opiekuńczych i wychowawczych.
Początkowo władze próbowały doprowadzić do porozumienia z episkopatem, żądając jednak faktycznego podporządkowania Kościoła państwu.