Ważenie autokowariancji zmodyfikowanymi wagami Bartletta o postaci , malejącymi wraz z rzędem przy szerokości okna usuwa tę wadę i daje estymator z założenia dodatnio półokreślony.
Błąd pominiętej zmiennej, jednoczesność lub błędy pomiaru regresorów mogą naruszać warunek zerowej warunkowej wartości oczekiwanej składnika losowego. W takich sytuacjach estymator KMNK może być obciążony i niezgodny, a dobór rozwiązania zależy od źródła problemu. Przy korelacji regresora ze składnikiem losowym stosuje się zmienne instrumentalne. W danych panelowych, obejmujących wielokrotne obserwacje tych samych jednostek, modele z efektami stałymi pozwalają uwzględnić nieobserwowane cechy tych jednostek, niezmienne w czasie. Błędy pomiaru regresora wymagają osobnych modeli błędu pomiaru.
Obliczenia numeryczne Wzór jest wygodny teoretycznie, ale w obliczeniach numerycznych nie zaleca się bezpośredniego odwracania macierzy. W praktycznych implementacjach problem najmniejszych kwadratów rozwiązuje się często przez rozkład QR, rozkład według wartości osobliwych albo inne stabilne metody algebry liniowej.