Po zerwaniu z Cullenem Brown zaczął wykładać na własny rachunek, po łacinie, posługując się rękopisem jako podręcznikiem. Zachowane reguły jego kursu przewidywały opłatę czterech gwinei miesięcznie. Przy dwóch słuchaczach kurs obejmował szesnaście lekcji w miesiącu, przy co najmniej trzech – dziewiętnaście. Słuchaczy nigdy nie było wielu. Brown był prezesem Royal Medical Society w 1776 i ponownie w 1780 roku. Towarzystwo wybierało naraz kilku prezesów, starszych i młodszych, a Brown jako prezes starszy niemal nie angażował się w swoje obowiązki: w 1780 roku przewodniczył tylko jednemu posiedzeniu, resztę spraw zostawiając prezesom młodszym. W styczniu 1781 roku towarzystwo powołało komisję, która miała odzyskać od niego składki studenckie zebrane w czasie prezesury.
O stopień doktora medycyny nie zabiegał przez lata, a po zerwaniu z Cullenem uzyskanie go w Edynburgu przestało być możliwe. Zwrócił się więc listownie do uniwersytetu w St Andrews i po osobistym stawieniu się i zdaniu egzaminu otrzymał dyplom datowany 21 września 1779 roku.