Bogata była część zoologiczna. Spis transportowy wymienia m.in. około 1000 okazów korali, 2738 muszli przechowywanych jako okazy naukowe oraz dalsze 1262 używane jako elementy dekoracyjne, 143 okazy skorupiaków, rozgwiazd i jeżowców, 64 węże, 72 ryby oraz 448 ptaków. Kolekcja obejmowała ponadto żółwie, jaszczurki, płazy, ssaki, owady i preparaty anatomiczne.
Do kolekcji botanicznej należały zielniki, nasiona, owoce, żywice, próbki drewna oraz zakonserwowane okazy roślin. Spis z 1802 roku wymienia 160 próbek drewna gatunków występujących w Polsce, 212 próbek drzew egzotycznych oraz 838 okazów owoców i nasion pochodzenia zagranicznego. W gabinecie znajdował się również zielnik przygotowany przez Krzysztofa Kluka.
Gabinet obejmował również zbiory wykraczające poza historię naturalną. Tzw. gabinet sztuki zawierał 170 medali i 945 monet, 31 mozaik, wyroby z kamienia i kości, biżuterię, przedmioty pochodzenia pozaeuropejskiego, próbki tkanin oraz ponad 60 orientalnych zabawek. Były tam wazy etruskie, wazy antyczne, rzeźby z brązu, lampy, puchary. W zbiorze znajdowało się również około 630 instrumentów fizycznych, urządzeń technicznych i modeli mechanizmów. Były też medale np. z okazji rocznicy włączenia Prus do Polski, z okazji wyzwolenia Smoleńska przez Władysława IV.