Do 1742 wieś należała do powiatu sądowego bialskiego w Monarchii Habsburgów. Po I wojnie śląskiej znalazła się w granicach Królestwa Prus i weszła w skład powiatu prudnickiego w prowincji Śląsk.
W latach 1872–1874 wzniesiony został kościół św. Jana Nepomucena w Kolnowicach. Jego fundatorem byli mieszkańcy wsi, szczególnie rodziny Badelf i Hoheisel. Miejscowa parafia katolicka została ustanowiona w 1896. Wieś posiadała swoją własną pieczęć, która przedstawiała pole dzielone w słup, po prawej lemiesz pługa w słup, po lewej chomąto, a w otoku napis: KOHLSDORFF: GEM: S: / NEYSTAETER CREYS (). mały|upright|Grób żołnierza z I wojny światowej na cmentarzu w Kolnowicach Według spisu ludności z 1 grudnia 1910, na 663 mieszkańców Kolnowic 633 posługiwało się językiem niemieckim, a 30 językiem polskim. W 1921 w zasięgu plebiscytu na Górnym Śląsku znalazła się tylko część powiatu prudnickiego. Kolnowice znalazły się po stronie zachodniej, poza terenem plebiscytowym. We wsi powstał pomnik poświęcony mieszkańcom poległym w I wojnie światowej. mały|lewo|Kolnowice (Kolnovice) wśród miejscowości ziemi prudnickiej na czeskiej mapie z 1922 W okresie II wojny światowej w Kolnowicach pracowali robotnicy przymusowi z Polski, m.in. z miejscowości: Bielsko, Chocznia, Sucha Beskidzka, Łazy i Poręba.