Malczewski nie chciał jednak pozostać w SSP. Jeszcze w 1872 informował ojca o planie wyjazdu do Paryża. W październiku 1875, wbrew woli zarówno ojca, jak i Matejki, wyjechał na dalsze, ośmiomiesięczne studia do Paryża. W latach 1876–1877 studiował w pracowni Henri Ernesta Lehmanna w paryskiej École des Beaux-Arts, zwiedzał też Académie Suisse. Do pracowni Matejki powrócił na prośbę ojca jesienią 1877, w 1879 ukończył kurs kompozycji w klasie mistrzowskiej Matejki. W 1880 udał się wraz z Marcelim Czartoryskim w podróż do północnych Włoch. W 1884 trafił do pałacu w Rozdole Karola Lanckorońskiego i wziął udział w zorganizowanej przez niego wyprawie archeologicznej do Azji Mniejszej. Z Karolem Lanckorońskim połączyła Malczewskiego wieloletnia przyjaźń. W 1883 Malczewski namalował swój pierwszy istotny obraz, Śmierć Ellenai, który był utrzymany w naturalistycznej, drobiazgowej estetyce i bardzo spodobał się Matejce.