Nawrócenie Po otrzymaniu pierwszej pomocy został przewieziony do domu swojej bratowej, Magdaleny de Araoz w Loyoli. Ponieważ pierwsza pomoc została udzielona niechlujnie, lekarze musieli na nowo poskładać połamane kości. 28 czerwca jego stan znacznie się pogorszył, lecz następnego dnia zaczął się stopniowo poprawiać. Według tradycji katolickiej miał wówczas ujrzeć św. Piotra, który go uzdrowił. W wyniku licznych urazów i rekonwalescencji jedna z kości łydki nasunęła się na drugą, dlatego Ignacy zdecydował się na kolejny zabieg polegający na całkowitym usunięciu tej kości. Podczas długiego okresu zdrowienia przeczytał jedyne dwie książki jakie miał dostępne: „Życie Chrystusa” Ludolfa Kartuza i „Złotą legendę” Jakuba de Voraigne’a. W efekcie lektur tych książek, postanowił wziąć przykład z Dominika Guzmána i Franciszka z Asyżu, porzucając dotychczasowy styl życia. Zgodnie z późniejszą tradycją chrześcijańską, miał wówczas ujrzeć Matkę Bożą wraz z Dzieciątkiem Jezus, co utwierdziło go w przekonaniu o słuszności nawrócenia.