Pod koniec lutego 1522 roku wyruszył, wraz z bratem Pero Lópezem, aby spotkać się ze swoim dawnym protektorem. W Navarrete spotkał się z księciem i odebrał kilka dukatów za swoją dawną służbę, a następnie spłacił swoje długi i wyruszył do opactwa w Montserracie, gdzie dotarł około 21 marca. Tam wyspowiadał się z całego życia przed francuskim mnichem Jeanem Chanonem, a następnie odbył całonocne czuwanie przed obrazem Czarnej Madonny. 25 marca oddał swoje odzienie ubogiemu, a sam założył tunikę pielgrzyma i udał się do Manresy. Początkowo zamierzał zostać tam tylko kilka dni, ale ostatecznie spędził tam jedenaście miesięcy. Zatrzymał się w szpitalu św. Łucji, a następnie w klasztorze dominikańskim. Jedną z jego ulubionych lektur tamtego okresu była: „O naśladowaniu Chrystusa”. Zajmował się głównie posługą wśród chorych i ubogich, apostolstwem oraz codzienną, siedmiogodzinną modlitwą. Często przebywał też w jaskini nieopodal miasta nad rzeką Cardener. Tam miał ułożyć pierwszy szkic „Ćwiczeń duchownych”, które potem wielokrotnie poprawiał.