Do docelowego miasta dotarli 4 września i zostali przywitani przez franciszkanów, którzy pełnili funkcję kustoszów Ziemi Świętej. Ignacy planował pozostać tam do końca życia i przedstawił ten plan gwardianowi klasztoru na górze Syjon. Zakonnik był skłonny się na to zgodzić, ale końcowa decyzja należała do prowincjała, który nie udzielił zgody. 3 października opuścił Ziemię Świętą wraz z innymi pątnikami, wypływając z Jafy do Larnaki, gdzie dotarli po jedenastu dniach. Z Cypru Ignacy odpłynął małym statkiem handlowym na początku listopada i do Apulii dotarł pod koniec grudnia. W Wenecji zjawił się w połowie stycznia 1524 roku i zatrzymał się u tego samego bogatego Hiszpana, który udzielił mu gościny przed podróżą do Jerozolimy. Wkrótce potem udał się do Genui, by stamtąd powrócić do Barcelony.