Studia Dzięki pomocy trzech osób: Jerónima Ardévola, Inés Pascual i Isabel Roser, Loyola rozpoczął studia z zakresu sztuk wyzwolonych w 1524 roku. W trakcie studiów wznowił praktyki pokutne i czyny miłosierdzia. Usiłował także dokonać reform w żeńskich klasztorach w Barcelonie, gdyż odeszły one od klauzurowej reguły. W 1526 roku wyjechał do Alcali de Henares, by studiować filozofię na tamtejszym uniwersytecie. Oprócz nauki oddawał się ćwiczeniom duchowym i działalności apostolskiej. Ze względu na to oraz na swój ubogi strój, był posądzany o przynależenie do środowiska alumbrados, co zapoczątkowało śledztwa przez inkwizycję. Początkowo prowadzili je Miguel Carrasco i Antonio Meija, z polecenia wielkiego inkwizytora Alfonsa Manrique de Lara y Solísa. Następnie sprawę przejął wikariusz biskupa Toledo Juan Rodríguez de Figueroa, który po przesłuchaniu Ignacego i jego towarzyszy 21 listopada 1526 roku stwierdził, że w ich sposobie życia nie ma nic nagannego. Zalecił jedynie by zmienili nieco ubiór, by nie kojarzył się z zakonnikami. Kolejny proces rozpoczął się 6 marca 1527 roku i dotyczył przyjmowania dużej liczby osób, zwłaszcza kobiet, które nauczał i zachęcał do zmiany swoich postępowań. Dodatkowo miał zachęcić dwie z nich do odbycia długiej pielgrzymki do katedry w Jaén, by nawiedzić Veraicon.