W połowie kwietnia Ignacy został aresztowany, choć zezwolono na jego odwiedzanie. Po siedemnastu dniach został przesłuchany przez Figueroę, gdzie zeznał, że usiłował odwieźć dwie kobiety od zamiaru pielgrzymki. Gdy powróciły one do Hiszpanii, potwierdzono zeznania Ignacego i został uniewinniony od zarzutów 1 czerwca. W wyroku zabroniono także pokutnikom wypowiadać się w tematach wiary, do czasu aż uzyskają stosowne wykształcenie.
Na początku lipca 1527 roku Loyola przybył do Salamanki, aby podjąć studia. Niecałe dwa tygodnie później został zaproszony do klasztoru dominikanów, gdzie go przesłuchano i zamknięto. Początkowo przesłuchania prowadzili zakonnicy, a następnie przejął je Sancho Gomez de Frias. Kilka dni później odbyła się rozprawa sądowa, w której uczestniczyło czterech sędziów. Po zadaniu wielu pytań i wysłuchaniu wyczerpujących odpowiedzi, stwierdzili że Loyola i jego towarzysze nie robią niczego nagannego, a jedynie powinni posiąść wykształcenie teologiczne, aby mówić o różnicach w grzechach lekkich i ciężkich.