Wobec tego postanowił udać się do Francji, by podjąć studia na Uniwersytecie Paryskim, jednocześnie nie chcąc łączyć nauki z działalnością apostolską. Po opuszczeniu aresztu udał się do Barcelony, skąd wyruszył do Paryża, gdzie dotarł 2 lutego 1528 roku. Przez pierwsze półtora roku powtórzył materiał ze studiów w Hiszpanii, a następnie rozpoczął naukę na Collège de Montaigu. Początkowo mieszkał w pensjonacie, jednak po utracie pieniędzy musiał żyć na ulicy z jałmużny, a następnie znalazł schronienie w szpitalu św. Jakuba. Z uwagi na problemy w utrzymaniu, co jakiś czas udawał się do Flandrii, by uzyskać pomoc od hiszpańskich kupców. Studia filozoficzne rozpoczął w Collège Sainte-Barbe. Tam jego współlokatorami byli Piotr Faber i Franciszek Ksawery. Kontynuował propagowanie ćwiczeń duchowych wśród studentów, a ponieważ odciągało to ich od zajęć, przełożony kolegium, doktor Gouveia chciał wymierzyć Ignacemu karę chłosty. Kiedy Loyola wyjaśnił mu swoje postępowanie, Gouveia odstąpił od swego zamiaru i prosił o wybaczenie. W 1532 roku uzyskał stopień bakałarza, a 14 marca 1535 roku – tytuł magistra. Podczas studiów uformowała się grupa sześciu osób wokół Ignacego, którzy potem współtworzyli z nim Towarzystwo Jezusowe – Piotr Faber, Franciszek Ksawery, Simão Rodrigues, Diego Laynez, Alfonso Salmerón i Nicolás Bobadilla.