W 2000 roku auto przeszło face lifting. Zmieniony został m.in. przedni zderzak oraz tylne lampy, a także odświeżono atrapę chłodnicy. Przy okazji liftingu wprowadzona została sportowa odmiana RS. Pomimo zaprezentowania w 2004 roku II generacji modelu I generacja pozostała na rynku pod nazwą Škoda Octavia Tour. Produkcję zakończono 9 listopada 2010 roku. W ciągu 14 lat wyprodukowano 1 442 126 egzemplarzy.
Wersje wyposażeniowe Przed liftingiem: LX GLX SLX Laurin&Klement WRC
Podstawowe wyposażenie wersji LX obejmuje m.in. wspomaganie kierownicy, obrotomierz oraz immobilizer. Wersja GLX dodatkowo wyposażona była m.in. w poduszkę powietrzną kierowcy, zamek centralny oraz napinacze pasów bezpieczeństwa. Wersja SLX dodatkowo wyposażona została w poduszkę powietrzną pasażera, elektryczne sterowanie szyb oraz elektryczne sterowanie lusterek, a także system ABS. Wersja Laurin&Klement wyposażona mogła być m.in. w skórzaną tapicerkę oraz drewnopodobne wstawki w desce rozdzielczej, a także regulowane na wysokość fotele przednie, klimatyzację automatyczną, 8-głośnikowy system audio z radioodtwarzaczem płyt CD oraz elektryczne sterowany szyberdach.