– ostatniego Namiestnika Królestwa Polskiego – Kotzebue został mianowany generał-gubernatorem warszawskim.
W okresie sześciu lat sprawowania urzędu, Kotzebue kontynuował politykę rusyfikacyjną i unifikacyjną Berga w Królestwie Polskim. Kotzebue był wykonawcą postanowionej w 1875 r. likwidacji chełmskiej diecezji greckounickiej i przymusowego narzucenia prawosławia wiernym tego obrządku. Opór unitów i części kleru parafialnego na Podlasiu złamano wówczas brutalnymi metodami administracyjno-policyjnymi, nie wahając się użyć pacyfikacyjnych oddziałów Kozaków.
Na jego wniosek w 1875 r. na stanowisko prezydenta Warszawy został powołany Sokrates Starynkiewicz. W 1876 r. Kotzebue nadzorował wprowadzenie w Królestwie wzorowanej na rosyjskiej organizacji sądownictwa i rosyjskich sądów wojennych. Ze względu na planowaną przez Aleksandra II liberalizację polityki wobec Królestwa, w dniu 30 maja 1880 r. Kotzebue otrzymał dymisję z zajmowanego stanowiska i został przeniesiony w stan spoczynku.